Biophysics and structural bioinformatics II

Contenu du cours

Le cours est divisés en six thèmes:

Dynamique moléculaire
Docking protéine-protéine
Protéine intrinsèquement désordonnées
Utilisation de la RMN pour l'étude de la structure et de la dynamique de protéines
Optimisation des structures protéiques
Immunoinformatique structural
Mécanique quantique appliquée aux macromolécules biologiques

Les travaux pratiques consistent en un projet.

Objectifs (et/ou acquis d'apprentissages spécifiques)

Au terme de ce cours, l’étudiant.e sera capable :

D'extraire des informations pertinentes au départ d'articles scientifiques.
D'approfondir des thèmes dans le domaine de la bioinformatique structurale.
De choisir et d'exploiter divers outils bioinformatiques afin de résoudre une problématique.

Pré-requis et Co-requis

Cours co-requis

Méthodes d'enseignement et activités d'apprentissages

Partie théorique du cours (3 ECTS): lecture d'articles scientifiques, présentations des articles, discussion des articles. Pour chaque thème, les étudiant.e.s devront lire des articles scientifiques ou des chapitres de livre, qui seront introduits par l'enseignant.

Les étudiant.e.s seront divisés groupes. Chaque groupe présentera les articles d'un des thèmes. Durant cette présentation, les étudiant.e.s résumeront les éléments importants des articles. Les autres étudiant.e.s liront les articles du thème.

Les articles seront discutés lors de la présentation par les groupes d'étudiant.e.s. Les étudiant.e.s ayant préparé la présentation répondront aux questions des autres étudiant.e.s et de l'enseignant.

Travaux pratiques (2 ECTS): réalisation d'un projet.

Support(s) de cours

Université virtuelle

Contribution au profil d'enseignement

Pour le MA en Bioinformatique et modélisation

1.2. Analyser de manière critique des articles originaux de recherche en bioinformatique et modélisation.
1.5. Pouvoir utiliser les ressources bioinformatiques existantes et développer de nouveaux logiciels (algorithmes, bases de données, outils d'analyses, etc.).
2.1. Faire preuve de créativité pour poser un problème dans le domaine de la bioinformatique et modélisation et formuler des hypothèses de travail testables.
2.3. Discuter et confronter les résultats obtenus aux données scientifiques existantes.
4.2. Rédiger un rapport de recherche avec clarté et rigueur.
4.3. Présenter oralement de manière claire et concise les résultats d’un travail et les confronter aux questions et critiques de l’audience

Pour le MA bioingénieur en chimie et bioindustries
Maitriser, explorer et mobiliser un ensemble de connaissances scientifiques, techniques et technologiques avancées liées à la bioingénierie, à la chimie et aux bio-industries, sur la base des résultats de recherches de pointe dans les domaines suivants :
- Bioinformatique

Analyser, diagnostiquer et modéliser des situations complexes d’ingénierie biologique liées à la chimie ou aux bio-industries en faisant preuve d’une démarche scientifique rigoureuse ainsi que d’un esprit critique et objectif.
- Choisir des méthodes d’analyse statistique pertinentes, élaborer des modèles, interpréter les résultats et évaluer leur fiabilité́ de manière critique.

Concevoir, dimensionner et proposer des solutions technologiques, scientifiques et opérationnelles innovantes et adaptées au monde du vivant dans le cadre de problématiques complexes liées à la chimie et aux bio- industries, de l’échelle du laboratoire à celle de leurs applications.
- Appliquer les principes et techniques de la bioingénierie dans le cadre de projets de recherche et de développement dans le secteur des bio-industries, de l’échelle du laboratoire à celle de l’application industrielle.

Agir en praticien réflexif et démontrer un ensemble de compétences transversales nécessaires au travail en équipe et à la gestion de projets multidisciplinaires.
- Synthétiser, vulgariser et communiquer ses résultats de manière adaptée à ses interlocuteurs, oralement et par écrit, tant en français qu’en anglais.

Autres renseignements

Contacts

Email: dimitri.gilis@ulb.be

Localisation des bureaux: Solbosch, UD3.203

Tel: 02 650 36 15

Campus

Solbosch

Evaluation

Méthode(s) d'évaluation

Examen oral
Présentation orale
Rapport écrit

Examen oral

Présentation orale

Rapport écrit

Evaluation de la présentation d'un des thèmes du cours (oral), selon les critères suivants:
- Qualité de la présentation: identification des éléments importants des articles et résumé de ces éléments.
- Qualité des réponses aux questions.
- Compréhension des articles.
Evaluation des rapports du projet.
Examen oral sur la partie théorique du cours. L'étudiant.e choisira au hasard un des thèmes qu'il/elle n'a pas présenté. L'étudiant.e aura 20 minutes pour préparer un résumé des éléments importants du thème; il/elle pourra utiliser les articles et ses notes personnelles pour cette préparation. Le thème sera ensuite discuté oralement.

Tout.e étudiant.e qui n'est pas en ordre dans la remise des rapports de travaux pratiques et/ou qui n'a pas présenté un des thèmes ne sera pas autorisé à présenter l'examen.

Construction de la note (en ce compris, la pondération des notes partielles)

Soient n_p la note de la présentation d'un thème, n_proj la note du rapport de projet et n_o la note de l'examen oral. La note finale, n_f, vaut la moyenne géométrique pondérée: n_f = n_p^(0,3) • n_proj^(0,2) • n_o^(0,5).

Pour les parties "présentation" et "travaux pratiques", une seule session est organisée par année académique.

Report d'une année académique à l'autre

En cas de note finale inférieure à 10/20 pour l'unité d'enseignement, les notes intermédiaires supérieures ou égale à 10/20 (n_p, n_proj et n_o) seront reportée d'une année à l'autre, sauf demande contraire de l'étudiant.e.

Langue(s) d'évaluation

français
anglais

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