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Centre de Formation Continue en Santé et Sciences de la vie Université libre de Bruxelles FC-686

IMAGE-3.3 - introduction to fluorescence microscopy - sample preparation, microscopes, and image analysis

IMAGE-3.3 - introduction to fluorescence microscopy - sample preparation, microscopes, and image analysis

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Call to actions

  • Intitulé du programme
    IMAGE-3.3 - introduction to fluorescence microscopy - sample preparation, microscopes, and image analysis
  • mnémonique du programme
    FC-686
  • Programme organisé par
    • Centre de Formation Continue en Santé et Sciences de la vie
    • Université libre de Bruxelles
  • Type de titre
    formation continue
  • Accessible en reprise d'études
    oui
  • Type d'horaire
    En journée
  • Langues d'enseignement
    anglais
  • Durée de la formation
    courte (2 à 5 jours)
  • Catégorie / Thématique
    Santé - Sciences biomédicales et pharmaceutiques
  • Complément
    Erika BAUS
    Ingénieure de formation ULB HeLSci

Présentation

Détails

Informations générales

Type de titre

formation continue

Durée de la formation

courte (2 à 5 jours)

Langue(s) d'enseignement

anglais

Type d'horaire

En journée

Catégorie(s) - Thématique(s)

Santé - Sciences biomédicales et pharmaceutiques

Faculté(s) et université(s) organisatrice(s) Accessible en reprise d'études

oui

Tarifs :



 

Formation continue

Intervenants

  • Louise Conrard, PhD (ULB, CMMI)
  • Egor Zindy, PhD (ULB, CMMI)
  • Maud Martin, Pr (ULB, CMMI)
  • Olivier Debeir, Pr (ULB)

Contacts

+32 71 37 86 96

helsci@ulb.be

helsci.ulb.be

Partenaire

Aides (bourses, chèques formations...)

Possibilité d’obtenir une bourse ULB HeLSci « chercheur d’emploi », sur base d’une demande motivée, après avoir complété votre dossier d’admission.

Présentation

  • Obtenir les plus belles images en fluorescence via l’optimisation de la préparation de vos échantillons et la compréhension des éléments du microscopes et des paramètres d’acquisition
  • Découvrir la variété des microscopes à fluorescence et leurs applications spécifiques 
  • Apprendre les méthodes et les concepts en matière de traitement,d’analyse et de quantification des images acquises aux microscopes à fluorescence
  • Découvrez ImageJ et CellProfiler, apprenez à les utiliser, de l’utilisation de base à des sujets plus avancés tels que le traitement par séries et le macro-codage

N’hésitez pas à venir avec vos propres challenges en terme d’échantillons ou d’images à analyser.

Le cours se concentre sur le traitement et l’analyse des images de microscopie à fluorescence, mais les concepts appris peuvent être appliqués à toute autre technique d’imagerie.

 

En journée

2 jours de formation

  • Plus de 50% de pratique, démos, exercices
  • Des petits groupes, adaptés selon le niveau de connaissances des participants, pour favoriser la manipulation des instruments et les interactions avec les formateurs
  • Introduction à des outils et logiciels libres (gratuits) comme micro-manager ou ImageJ/FIJI, qui répondent à des besoins en laboratoire

Calendrier & inscriptions

Pré-requis

  • Connaissances de base en sciences
  • Familiarité avec l'utilisation des images numériques

Public ciblé

  • Biologistes, chercheurs, techniciens et étudiants souhaitant utiliser -ou utilisant déjà- la microscopie à fluorescence pour répondre à une question de recherche, peu importe leur domaine 
  • Personnel travaillant dans des plateformes de bio-imagerie souhaitant étendre leurs connaissances
  • Informaticiens, développeurs, spécialistes en analyse d’images mais non familiers avec ImageJ ou CellProfiler

Calendrier & inscriptions

Programme

PARTIE 1: Utilisation du microscope à fluorescence 

  • Rappel des bases de la microscopie à fluorescence. Quel microscope utiliser pour mon projet ?
  • La préparation des échantillons
  • Manipulation du microscope et acquisition d’images: les paramètres importants

PARTIE 2: traitement des images générées et quantifications

  • Méthodes et concepts de base en matière de traitement de l’image :
    • Profondeur de bits
    • Ajustement de l’histogramme
    • Débruitage
    • Filtrage
    • Recalage
  • Méthodes et concepts en matière d’analyse d’images :
    • Segmentation
    • Suivi d’objets dans les séries d’images
    • Colocalisation d’objets en fluorescence
  • Démonstration et exercices avec ImageJ pour les tâches de traitement d’images de routine et CellProfiler pour l’analyse et la quantification automatisées
    • Aperçu d’autres logiciels utiles pour l’analyse d’images par microscopie